Sahlgrenska Universitetssjukhuset är organisatoriskt uppdelat i sex områden. Områdescheferna är direkt underställd sjukhusdirektören och ingår i sjukhusets ledningsgrupp.
Område 1 omfattar Kvinnosjukvården och Drottning Silvias barn- och ungdomssjukhus.
Område 2 omfattar bland annat all psykiatri och bedriver verksamhet såväl på Mölndals sjukhus, Sahlgrenska sjukhuset och Östra sjukhuset.
I område 3 ingår bland annat verksamheter med fokus på arbetsterapi, sjukgymnastik, geriatrik, medicin, ortopedi, ortopedteknik, operationsverksamhet och ögonsjukvård.
Område 4 är en samlad resurs för medicinsk diagnostik, service, vård och behandling samt forskning, utveckling och utbildning inom klinisk fysiologi, infektion, laboratoriemedicin, medicinsk fysik och teknik, radiologi samt reumatologi.
Område 5 finns i huvudsak på Sahlgrenska sjukhuset men har även verksamhet på Östra samt Högsbo sjukhus. Området har cirka 3300 medarbetare och är organiserat i tio verksamhetsområden.
Område 6 finns i huvudsak på Sahlgrenska sjukhuset men har även viss verksamhet på Östra sjukhuset, Mölndals sjukhus samt Högsbo sjukhus. Området täcker hela vårdkedjan för akutmedicinska tillstånd på Sahlgrenska sjukhuset.